Все живут мирной жизнью до поры до времени...пока над городом не появляется невидимая сфера, которую видит лишь Шидо. Это сфера является скоплением всех противоречивых чувств духов, которые запечатал Шидо и одному богу известно, что случится если эта сфера взорвется. Итак, новое свидание начинается.

Противостояние главного героя и команды SEES со странными монстрами, называемыми Тенями, приближается к концу. Макото и его сторонники ведут сражения насмерть, чтобы положить конец Тёмному Часу. В окружении Макото появляется загадочный студент по обмену. Шестерни судьбы начинают вращаться с каждым новым утром для SEES. Между героями нарастает напряжение.

Девушка Тэцуко перевелась в новую школу. Общение с новыми одноклассниками не особо складывается, да и парта ей досталась пропавшего при странных обстоятельств ученика по прозвищу Иуда, который, судя по слухам, был убит. Решив разгадать тайну исчезновения Иуды, Тэцуко знакомится с девушкой Ханой, и они вместе начинают расследование.

Девушка потеряла возможность говорить. В детстве по её вине распалась семья, а позже откуда ни возьмись появился дух в виде яйца и, чтобы она больше никого не ранила, «запечатал» её речь.

Действие разворачивается на отдалённом острове, в некой средней школе накануне местного фестиваля. В один прекрасный день герой-ОЯШ внезапно бросает бейсбол, в который играл всю жизнь, крепко ругается с лучшим другом и встречает загадочную красноглазую девушку по имени Норуда. А потом на его школу обрушивается мощный тайфун.

Европа XIX века. Студент Джон Уотсон был завербован службой разведки в качестве секретного агента. Технократия — мир, где наука совершила невероятный прорыв для любой промышленности. Создание гомункулов поставлено на поток, и существа с мёртвыми телами и искусственной душой используются во всех сферах жизни в роли солдат и рабочей силы. Джона забрасывают в Афганистан в качестве военного медика, а также с целью наконец открыть тайну происходящего.

Ящик знаний — пространство без гравитации с неисчислимым количеством сияющих различными цветами огней. Внутри него находится множество временных потоков и миров, используемых для существования многих людей, и в которых Дуал и Дороти сражаются с врагами, именуемыми Вирусами. Заражённые Вирусами миры должны быть уничтожены, и это — долг и работа этих девушек. Однажды они чувствуют присутствие нового Вируса и, прибыв на место, встречают атакованную Вирусом девушку. После спасения Дуал и Дороти

Благодаря новейшим нанотехнологиям в области медицины, высокому уровню социального и этического обеспечения, а также взаимному уважению в будущем мир наконец-то достиг утопии. Однако этот идеальный мир не так идеален. Три девушки, решив возразить тоталитарной доброте и «сверхмедицине», пытаются покончить с собой путем голодовки, но у них ничего не выходит. Повзрослев, одна из них - Туан Кири - вступает во Всемирную Организацию Здравоохранения. И когда новый мир начинает переживать серьезный

Токийский парень Таки и провинциальная девушка Мицуха обнаруживают, что между ними существует странная связь. Во сне они меняются телами и проживают жизни друг друга. Но однажды эта способность исчезает так же внезапно, как появилась. Таки решает во что бы то ни стало отыскать Мицуху.

В поисках припасов Кудзуя попадает в здание планетария, где встречает робота и остается чинить проектор звездного неба.