У школьника Аюуму Тамари редкое заболевание — в момент стресса части его тела кристаллизуются. А поскольку Аюуму постоянно волнуется и нервничает, то нормально учиться у него не получается, и он остаётся на второй год. Единственной отдушиной в жизни парня становится его классный руководитель Коя Онихара, отношения с которым постепенно выходят на иной уровень.

Действие посвящено боевой биографии Дюнан и Бриарея до попадания в Олимп.

После окончания очередной мировой войны наука сделала невероятные шаги — теперь каждый человек может продлевать свою жизнь с помощью кибернетических частей тела. Все жители планеты связаны в общую сеть под названием Призраки, и широко распространились кибератаки на отдельных людей с целью кражи их памяти и тел. После убийства премьер-министра Японии майор Мотоко Кусанаги и её Девятый отдел выходят на след киберпреступников.

Минуло три года с тех пор, как Синъя Когами покинул отдел расследований. Японское Управление общественной безопасности направляет следователя Аканэ Цунэмори в Южно-Восточный Азиатский Союз для расследования дела о притоке эмигрантов в Токио. Заодно она должна лично увидеть, как функционирует новый утопический город, управляемый системой Сивилла. Вдали от своего дома она вновь встречает старого знакомого.

После того как Акари, Айка и Алис стали примами, им всё реже удаётся видеться. В такие редкие минуты бывшие ученицы, а ныне — наставницы, предаются воспоминаниям о годах обучения.

История о том, как Сайтама получил свой супергеройский костюм.

Все живут мирной жизнью до поры до времени...пока над городом не появляется невидимая сфера, которую видит лишь Шидо. Это сфера является скоплением всех противоречивых чувств духов, которые запечатал Шидо и одному богу известно, что случится если эта сфера взорвется. Итак, новое свидание начинается.

Противостояние главного героя и команды SEES со странными монстрами, называемыми Тенями, приближается к концу. Макото и его сторонники ведут сражения насмерть, чтобы положить конец Тёмному Часу. В окружении Макото появляется загадочный студент по обмену. Шестерни судьбы начинают вращаться с каждым новым утром для SEES. Между героями нарастает напряжение.

Европа XIX века. Студент Джон Уотсон был завербован службой разведки в качестве секретного агента. Технократия — мир, где наука совершила невероятный прорыв для любой промышленности. Создание гомункулов поставлено на поток, и существа с мёртвыми телами и искусственной душой используются во всех сферах жизни в роли солдат и рабочей силы. Джона забрасывают в Афганистан в качестве военного медика, а также с целью наконец открыть тайну происходящего.

Ящик знаний — пространство без гравитации с неисчислимым количеством сияющих различными цветами огней. Внутри него находится множество временных потоков и миров, используемых для существования многих людей, и в которых Дуал и Дороти сражаются с врагами, именуемыми Вирусами. Заражённые Вирусами миры должны быть уничтожены, и это — долг и работа этих девушек. Однажды они чувствуют присутствие нового Вируса и, прибыв на место, встречают атакованную Вирусом девушку. После спасения Дуал и Дороти